污水杀菌不同的消毒方法适用的地方不同。
首先要看污水的来源，污染物不同使用的消毒方法不同。
其次要看污水处理后的用途，当然生活用水的监测指标远高于工业用水等，所以使用的消毒方法也是不同的。

污水杀菌目前应用在污水中的消毒方法可分为两大类，即化学消毒法和物理消毒法。化学消毒法有液氯、二氧化氯、臭氧等；物理消毒法有紫外线消毒等。

在工程设计中在选择消毒方法时，既要考虑所选择的消毒剂要具有灭活水中微生物的广谱性、尽量减少有毒副产物，又要考虑其安全，污水杀菌同时应该适当考虑其消毒的持续性。根据处理后出水的不同用途，采用与之相适应的消毒方法。

液氯消毒会增加二级出水的溶解固体（TDS）和氯化物浓度，从而影响出水pH 值；对原生动物的灭活相对无效（如贾第鞭毛虫、隐孢子虫）；通常可以灭活大肠杆菌的常规剂量，对很多致病病毒、孢子、卵囊无效；储气地点有气体泄漏的风险；占地面积大，由于反应较慢，接触时间较长；需要较大的储存空间，占地面积大。
二氧化氯消毒方法具有较好的广谱消毒效果，其杀菌效率与臭氧相当，远高于氯气。但脂肪族、芳香族碳氢化合物和有机氯农药在常规水处理条件下与二氧化氯几乎不发生反应。
臭氧的消毒机理包括直接氧化和产生自由基的间接氧化，与氯和二氧化氯一样，通过氧化破坏微生物的结构，达到消毒的目的，污水杀菌优点是杀菌效果好，用量少，作用快，能同时控制水中铁、锰、色、味、嗅。
紫外线消毒法不会产生消毒副产物，不会造成二次污染问题。紫外消毒对细菌、病毒、原生动物都有效，即有其广谱性，紫外线对病原体进行消毒不受水温、pH 值的影响。