不同的消毒方法适用的地方不同。
首先要看污水的来源，污染物不同使用的污水杀菌消毒方法不同。

其次要看污水处理后的用途，当然生活用水的监测指标远高于工业用水等，所以使用的消毒方法也是不同的。

目前应用在污水中的消毒方法可分为两大类，即化学消毒法和物理消毒法。化学消毒法有液氯、二氧化氯、臭氧等；物理消毒法有紫外线消毒等。

在工程设计中在选择消毒方法时，既要考虑所选择的消毒剂要具有灭活水中微生物的广谱性、尽量减少有毒副产物，又要考虑其安全，同时应该适当考虑其消毒的持续性。根据处理后出水的不同用途，采用与之相适应的消毒方法。

液氯消毒会增加二级出水的溶解固体（TDS）和氯化物浓度，从而影响出水pH 值；对原生动物的灭活相对无效（如贾第鞭毛虫、隐孢子虫）；通常可以灭活大肠杆菌的常规剂量，对很多致病病毒、孢子、卵囊无效；储气地点有气体泄漏的风险；占地面积大，由于反应较慢，接触时间较长；需要较大的储存空间，占地面积大。