废水中的细菌种类多含量高，再加上菌膜的存在，所以普通的消毒液杀菌不彻底，而且还可能造成化学药剂的残留，影响环境。

目前国内的污水杀菌医疗废水消毒主要采用的消毒方法有液氯消毒、二氧化氯消毒、次氯酸钠消毒、臭氧消毒和紫外线消毒。对于医疗废水消毒的有关要求，《医疗机构水污染物排放标准》(GB18466-2005)作出如下规定：

 污水杀菌采用含氯消毒剂消毒的工艺控制要求：

  ①传染病、结核病医疗机构消毒接触池的接触时间≥1.5h，接触池出口总余氯6.5-10 mg/L。
  ②综合医疗机构和其他医疗机构消毒接触池接触时间≥1h，接触池出口总余氯3-10 mg/L。
  ③若直接排入地表水体和海域，应进行脱氯处理，使总余氯小于0.5mg/L，采用其他消毒剂对总余氯不作要求。
  游离氯free chlorine 指以次氯酸、次氯酸盐离子和溶解的单质氯形式存在的氯。
  化合氯 combined chlorine 指以氯胺和有机氯胺形式存在的氯。
  总氯 total chlorine 指以“游离氯”或“化合氯”，或两者共存形式存在的氯。
  氯胺 chloramines 指按标准方法测定的氨的一、二或三个氢原子被氯原子取代的衍生物(如一氯胺，二氯胺，三氯化氮)和有机氮化合物的氯化衍生物。
  污水杀菌二氧化氯对游离氯和总氯的测定产生干扰，亚氯酸盐对总氯的测定产生干扰。二氧化氯和亚氯酸盐可通过测定其浓度加以校正，其测定方法参见GB/T 5750.11和GB/T 5750.10。